В университете Коперник записался на факультет свободных искусств, так как изучению астрономии на факультете уделялось ведущее место. Он слушал лекции выдающегося польского астронома Войцеха-Альберта Брудзевского, который считался крупнейшей звездой Краковского университета. Его сочинение «Полезнейшие комментарии по теории планет» служило учебником даже в итальянских школах.

«Все, что было создано остроумием Евклида и Птолемея, — говорил
о Брудзевском один из современников, — сумел он претворить в свою
духовную собствен­ность; все, что глубоко сокрыто от взора непосвященных, становилось в его изло­жении ясным, как солнце».

Брудзевский не сделал самостоятель­ных открытий в астрономии,
он верил в систему Птолемея. А заслуга его в том, что он внушил
юному Копернику любовь к «небесной науке», которая стала глав­ным
делом его долгой жизни.

Также Коперник посещал курс математических наук и лекции по философии - лекции были основ­ным источником знаний, поскольку печатные книги были редкостью, к тому же стоили немалых денег.
Из лекций Коперник узнал о противоречиях, существовавших в подходе к построению мироздания. И хотя в университете Кракова ни в коей мере не ставилась под сомнение правильность геоцентрической системы построения мира, все же высказывались критические замечания в адрес некоторых концепций Птолемея. На лекциях Коперник мог слышать такое, например, высказывание:

Как гуманист и человек эпохи Возрождения, Коперник решил,
прежде всего, обратиться к трудам античным ученых и философов, хранящимся в библиотеках итальянских университетов, с целью найти в них пред­ставления о строении мира. Это потре­бовало долгих лет: необходимо было изучить многие работы, подчас труднодоступные, написанные не только по-латыни, но и на греческом языке, которого Коперник тогда еще не знал. Пришлось посвятить часть времени изучению древнегреческого, что позволило читать интересующие его источники в оригинале. Так он смог основательно изучить труды Пифагора, Платона, Аристотеля и Птолемея. Он подробно исследовал существующие небесные модели, сопоставляя многочисленные значения из астрономических таблиц, имевшихся в его распоряжении.
И только после ознакомления с теорией Птолемея, к которому Коперник всегда относился с большим уважением, хотя и выступал
с критикой его теории, а затем, после изучения всей доступной ему лите­ратуры, где упоминалось о движении планет, он смог облечь
свои идеи в форму математической теории такого же масштаба,
как великий "Аль­магест".

Копернику невероятно повезло с учителями.
Профессор в Кракове привил ему любовь к астрономии,
а в Италии любимым делом он занимался под руководством известного астронома Доменико Новары.И хотя многого в теоретическом отношении Коперник у Новары почерпнуть не мог, однако, будучи по складу ума, прежде всего, астрономом-наблюдателем, Новара привлек и Коперника к наблюдениям. Практический опыт, который Коперник получил у Новары, оказался чрезвычайно важным.
Сомневаясь в правильности некоторых деталей теории Птолемея, Коперник начал вести соответ­ствующие наблюдения.

В 1500-м году молодой каноник прибыл в Рим, где проходил практику по церковному праву. Однако астрономии он не оставлял. По мере
возможности вел наблюдения Солнца и звезд, а в ночь с 5 на 6 ноября 1500 года наблюдал в Риме затмение Луны. Юридическими науками Коперник занимался лишь урывками. Миновал трехлетний срок
обучения, установленный Вармийским капитулом, а учеба не была завершена.

В 1501 году Коперник должен был ненадолго вернуться
в Польшу, в Вармию, с тем, чтобы от­читаться перед капитулом
и получить разрешение снова выехать в Италию для завершения
универ­ситетского образования. Вармийский капитул согласился удовлетворить эту прось­бу, а Коперник обязался закончить изучение права и заняться медицинскими науками. В этом же году он вернулся
в Италию, на этот раз в Падую, где принялся за изучение медицины,
а ученую степень доктора канонического права получил в 1503 году
в Ферраре. В Италии Коперник провел десять лет. Он получил от итальянской науки все, что она могла ему дать, и дальше мог рассчитывать только на собственные силы. И он пошел своим путем, тем путем, который увенчал его заслуженной славой, но только через много десятилетий после его смерти.

Вернувшись из Италии, 30-летний каноник Николай Коперник
жил в замок Лидзбарк - традиционно там находилась резиденция Вармийского епископа - и семь лет прослужил секретарем
и домашним врачом у дяди епископа. Поручения епископа занимали много времени, однако знания, приобретенные Коперником в Кракове, Болонье и Падуе, он использовал не только для составления витиеватых и хитроумных посланий и врачевания дяди.
Он занимался картографией. выполнял множество административных поручений, участвовал в дипломатических, военных, медицинских делах и в работе прусского ландтага. Влиятельный дядя хотел вовлечь племянника в политическую жизнь. Но на службу церкви Коперник смотрел толь­ко как на средство обеспечить себя и спо­койно заниматься своей единственной страстью — астрономией.

Первая научная работа Ко­перника - "Малый ком­ментарий" -
не была напечатана автором и хо­дила в рукописных копиях.
Оригинал этого труда исчез бесслед­но, а копии были обнаружены лишь в последней четверти XIX века. В этом произведении дана общая схема новой теории: содержится утвержде­ние, что все пути планет идут вокруг Солнца, вбли­зи которого находится центр мира, что Земля яв­ляется одной из планет, обращающихся вокруг Солнца, что она
также вращается вокруг своей оси и является центром орбиты Луны.
Когда решил напечатать главный труд своей жизни - "Об обращении небесных сфер", он был уже стар. Никаких сомнений в своей правоте
у него не было: